UFP Universidade Fernando Pessoa   Página inicial   Mapa do site   Contactos
Universidade Fernando Pessoa
Pesquisa

Curriculum Vitae
Investigação
Publicações
Disciplinas
Manual de Docência
Horário de Atendimento
Mensagens aos Alunos
Hobbies
Links


Pessoal Docente

 

Pedro Jorge Araújo Alves da Silva

Email: pedros@ufp.edu.pt

Curriculum Vitae


2001-presente: Professor Auxiliar. Universidade Fernando Pessoa
Mar-2001: Doutoramento em Química. Faculdade de Ciências da Universidade do Porto. Aprovado por unanimidade.
1997-2000: Realização de trabalho experimental conducente à elaboração da dissertação de doutoramento. O trabalho foi realizado nos Departamentos de Bioquímica da Universidade Agrícola de Wageningen , Holanda, Biotecnologia, Universidade Técnica de Delft, Holanda e de Química da Faculdade de Ciências da Universidade do Porto
1992-1996: Licenciatura em Bioquímica. Faculdade de Ciências da Universidade do Porto. (16/20)

Investigação

  • Estudo de mecanismos de reacções enzimáticas
  • Aplicação de métodos quânticos a sistemas de interesse biológico
  • Aplicação de técnicas bioquímicas, espectroscópicas e electroquímicas (U.V./Vis, EPR, voltametria cíclica, electrocatálise, enzimologia, bioinformática) na elucidação da relação estrutura/função de metaloproteínas.
  • O papel das hidrogenases no metabolismo do Pyrococcus furiosus
  • Tese de Doutoramento
  • Publicações

    [17] Pedro J. Silva, Claudia Schulz, Martina Jahn, Dieter Jahn and Maria J. Ramos (2010) A Tale Of Two Acids: When Arginine Is A More Appropriate Acid Than H3O+. J. Phys. Chem. B, 114, 8994–9001 [free reprint]

    [16] Pedro J. Silva and Maria J. Ramos (2010) Computational insights into the photochemical step of the reaction catalyzed by protochlorophylide oxidoreductase. Int. J. Quantum Chem. in press

    [15] Pedro J. Silva and Maria J. Ramos (2009) Computational studies on the reactivity of substituted 1,2-dihydro-1,2-azaborines. J. Org. Chem, 74, 6120-6129 [free reprint]

    [14] Pedro J. Silva (2009) Inductive and Resonance Effects on the Acidities of Phenol, Enols, and Carbonyl α-Hydrogens. J. Org. Chem, 74, 914-916

    [13] Pedro J. Silva and Maria J. Ramos (2008) A comparative density-functional study of the reaction mechanism of the O2-dependent coproporphyrinogen III oxidase. Bioorg. Med. Chem., 16, 2726-2733.

    [12] Pedro J. Silva and Maria J. Ramos (2008) A comparative density-functional study of models for the reaction mechanism of uroporphyrinogen III synthase. J. Phys. Chem. B, 112, 3144-3148.

    [11] van Haaster DJ, Silva PJ, Hagedoorn PL, Jongejan JA, Hagen WR. (2008) A re-investigation of the steady-state kinetics and the physiological function of the soluble NiFe-hydrogenase-I of Pyrococcus furiosus. J. Bacteriol., 190, 1584-1587

    [10] Pedro J. Silva (2008) Assessing the reliability of sequence similarities detected through hydrophobic sequence analysis. Proteins: Structure, Function and Bioinformatics, 70, 1588-1594

    [9] Pedro J. Silva and Maria J. Ramos (2007) Reaction Mechanism of the Vitamin K-Dependent Glutamate Carboxylase: A Computational Study. J. Phys. Chem. B, 111, 12883-12887

    [8] Pedro J. Silva and Maria J. Ramos (2005) A Density-Functional Study of Mechanisms for the Cofactor-Free Decarboxylation Performed by Uroporphyrinogen III Decarboxylase. Journal of Physical Chemistry B, 109, 18195-18200

    [7] Dora Pinho, Stéphane Besson, Pedro J. Silva, Baltazar de Castro e Isabel Moura (2005) Isolation and spectroscopic characterization of the membrane-bound nitrate reductase from Pseudomonas chlororaphis DSM 50135. Biochimica et Biophysica Acta – General Subjects, 1723, 151-162.

    [6] Pedro J. Silva, Pedro A. Fernandes and Maria J. Ramos (2003) A theoretical study of radical-only and combined radical/carbocationic mechanisms of arachidonic acid cyclooxygenation by prostaglandin H synthase. Theoretical Chemistry Accounts, 110, 345-351.

    [5] Frank A.M. de Bok, Peter-Leon Hagedoorn, Pedro J. Silva, Wilfred R. Hagen, Emile Schiltz, Kathrin Fritsche and Alfons J.M. Stams (2003) Two W-containing formate dehydrogenases (CO2-reductases) involved in syntrophic propionate oxidation by Syntrophobacter fumaroxidans. European Journal of Biochemistry, 270, 2476-2485 .

    [4] Pedro J. Silva, Eyke C. D. van den Ban, Hans Wassink, Huub Haaker, Baltazar de Castro, Frank T. Robb and Wilfred R. Hagen (2000) Enzymes of hydrogen metabolism in Pyrococcus furiosus. European Journal of Biochemistry, 267, 6541-6551.

    [3] Wilfred R. Hagen, Pedro J. Silva, M.A. Amorim, Peter-Leon Hagedoorn, Hans Wassink, Huub Haaker and Frank T. Robb (2000) Novel structure and redox chemistry of the prosthetic groups of the iron-sulfur flavoprotein sulfide dehydrogenase from Pyrococcus furiosus; evidence for a [2Fe-2S] cluster with Asp(Cys) 3 ligands. Journal of Biological Inorganic Chemistry, 5,  527-534.

    [2] Pedro J. Silva, M. João Amorim, Peter-Leon Hagedoorn, Hans Wassink, Huub Haaker and Wilfred R. Hagen (1999) Effects of temperature on the electron transfer between Pyrococcus furiosus hydrogenase and its redox partners. Journal of Inorganic Biochemistry, 74, 297.

    [1] Pedro J. Silva, Baltazar de Castro and Wilfred R. Hagen (1999) On the prosthetic groups of the NiFe sulfhydrogenase from Pyrococcus furiosus: topology, structure, and temperature-dependent redox chemistry. Journal of Biological Inorganic Chemistry, 4,  284-291.

    Disciplinas

  • Bioquímica Fisiológica (2009/10)
  • Química Analítica II (2009/10)
  • Química Geral
  • Química Orgânica
  • Bioquímica
  • Bioquímica I
  • Bioquímica II
  • Química Fisiológica
  • Biomatemática
  • Manual de Docência

    Horário de Atendimento

    8Aula CFA (LQA)Aula CSP (0.1)
    9Atendimento Aula CFA (LQA)Aula CSP (0.1)
    10Atendimento Aula CSP (0.1)Atendimento
    11Atendimento Aula CSP (LBQ)Aula RPM (S02)
    12Atendimento Aula RPM (S02)
    13
    14Aula RPM (S02)
    15Atendimento Aula RPM (LQB)
    16Atendimento
    17Aula CFA (LQA)
    18Aula CFA (LQA)
    19h 30Aula MEO (LBQ)
    20Aula MEO (LBQ)
    21Aula MEO (4.B)
    22
    PdL = Ponte de Lima

    Mensagens aos alunos

    28/05/2010 Notas finais (teóricas e laboratoriais (CSP)

    28/05/2010 Notas finais (teóricas e laboratoriais (MEO)

    26/05/2010 Notas laboratoriais finais de QA II (Ciências Farmacêuticas)

    26/05/2010 Notas de testes e fichas teóricas (CSP)

    25/05/2010 Notas de testes e trabalhos laboratoriais (CSP)

    25/05/2010 Notas de testes laboratoriais (MEO)

    25/05/2010 Notas de testes teóricos e laboratoriais, e de trabalhos laboratoriais (RPM)

    24/05/2010 Notas de testes laboratoriais QA II (Ciências Farmacêuticas)

    15/05/2010 Notas de trabalhos QA II (Ciências Farmacêuticas)

    Hobbies

    Links

    Google
     
    Web www2.ufp.pt

    Input files for basis set superposition error (BSSE) computation using Gamess(US) or PcGamess
    Resumos das aulas teóricas de Química Fisiológica
    Uma panorâmica geral das vias metabólicas
    A general overview of the major metabolic pathways
  • TCA cycle
  • Glycolysis
  • Gluconeogenesis
  • Pentose-phosphate pathway
  • Aminoacid degradation and urea cycle
  • Fatty acids metabolism
  • Glycogen metabolism


  • General and Organic Chemistry -  Prof. Steve Harding, UCLA. Um site muito completo: inclui exercícios, exames (e respectivas correcções) e algumas aulas...
    Farmácias de serviço, páginas amarelas, e outras informações uteis

    Interesting scientific blogs:
  • (Bio)Chemical Matters
    - my personal scientific blog
  • In the Pipeline - Medicinal and Organic Chemistry
  • Climate Audit - Global Warming (Skepticism)
  • Real Climate - Global Warming (Mainstream)
  • The Reference Frame
                               
  • Página mantida por Pedro Silva.