O complexo III (citocromo bc1) recebe electrões do ubiquinol e transfere-os para o citocromo c. Esta transferência é particularmente complexa, uma vez que o ubiquinol transporta dois electrões, mas o citocromo c só pode transportar um.
Existem dois percursos de transferência electrónica neste complexo.
O ubiquinol doa um electrão a um agregado de Fe-S especial, denominado